Il dipinto entrò in Sant’Agostino nel 1857, depositato dalla Fabbriceria del Duomo, che a sua volta nel 1853 lo aveva ricevuto dal Comune dopo la soppressione del convento cappuccino di San Bonaventura (1810), da cui proviene; nei documenti ottocenteschi la tela è registrata con un’attribuzione a Pietro Antonio Magatti. Essendo arrivata in pessime condizioni, fu sottoposta a restauro a spese della Fabbriceria di Sant’Agostino, che la collocò sulla parete sinistra del coro, in pendant con un Giudizio di Pilato di altro autore e di dimensioni maggiori; in quell’occasione, per fare in modo che i due dipinti avessero le stesse misure, il quadro di Peterzano fu ingrandito e la Fabbriceria fornì a quel punto due cornici identiche; un successivo restauro è documentato nel 1958. L’assegnazione a Magatti rimase immutata fino al 1944, quando Costantino Baroni riconobbe finalmente Simone Peterzano come autore della sacra conversazione e rintracciò alcuni bozzetti preparatori, di mano del pittore bergamasco, nel Gabinetto dei Disegni del Castello Sforzesco di Milano. La composizione dell’opera è semplice e pienamente rispondente ai dettami della Controriforma, di cui Peterzano fu uno degli interpreti più diligenti in ambito lombardo: la Madonna e il Bambino, al centro, sono posti su un alto trono costituito da gradoni in marmo; sulla destra, in secondo piano, emerge dall’ombra la figura di san Giuseppe, quasi nascosta da san Rocco. A sinistra la sacra conversazione è completata da san Sebastiano e da san Francesco inginocchiato davanti al trono; in alto, due angioletti biondi reggicortina. Questa struttura piramidale è riprodotta anche in una Madonna con il Bambino e santi eseguita da Peterzano per la certosa di Garegnano (terminata entro il 1582) e si inserisce in una sequenza di pale d’altare realizzate dal pittore soprattutto nel corso degli anni ottanta del Cinquecento, di cui la tela comense dovrebbe essere una delle prime. Che la destinazione originaria del dipinto fosse la chiesa di San Bonaventura non è certo, anche se la presenza di san Francesco depone a favore di questa ipotesi insieme alla data di consacrazione della chiesa, il 1586: Peterzano potrebbe quindi averla realizzata appositamente, con la commissione o la mediazione di una personalità per ora ignota che deve aver favorito il contatto tra il pittore, di stanza a Milano, e Como. In questo senso potrebbe essere meglio indagata la figura di Marco Antonio Rezzonico, che le fonti antiche attestano come finanziatore proprio nella costruzione della chiesa dei cappuccini.
In occasione del restauro si è deciso di rimuovere le aggiunte ottocentesche, in particolare la tavola di legno di oltre 20 cm che era stata incollata in basso, in modo da restituire i corretti valori dimensionali all’opera; di conseguenza è stata necessaria anche una riduzione della cornice in cui la tela è ormai storicamente inserita. Durante l’intervento, le analisi chimico-fisiche hanno permesso tra l’altro di accertare che i colori utilizzati sono tempere; le indagini multibanda sono state poi utili per chiarire il rapporto tra il disegno preparatorio e l’esecuzione finale, consentendo di osservare come in corso d’opera siano avvenuti cambiamenti anche sostanziali, qui evidenti soprattutto nel piedistallo (inizialmente meno squadrato) e nello sfondo, che in origine prevedeva alle spalle di Maria una nicchia, poi sostituita da una volta a botte di ispirazione bramantesca. Alle operazioni di conservazione che hanno riguardato direttamente la tela (mantenuta senza rifodero) e la pellicola pittorica si è affiancata la sostituzione del telaio, prevedendo l’inserzione in quello nuovo della traversa ottocentesca con dipinta la scritta «35. S. Agostino», in modo da lasciare traccia della memoria storica dell’opera.
