Il polittico, composto da dieci scomparti posizionati in tre ordini, decorava in origine l’altare maggiore della chiesa di Sant’Anna a Capodistria. Due documenti, entrambi risalenti al 18 aprile 1513, ci permettono di ricostruire le vicende dell’opera. Si tratta di due contratti che i frati francescani osservanti del convento di Sant’Anna sottoscrissero, tramite un loro rappresentante, con il pittore Giovanni Battista, detto Cima da Conegliano e con l’intagliatore Vittore Scienza da Feltre rispettivamente per l’esecuzione delle tavole dipinte e della struttura lignea. Il nome del pittore, insieme alla data, era inoltre in origine leggibile, fino alla metà dell’Ottocento circa, nel cartiglio posto alla base del trono su cui siede la Vergine.
Al centro del polittico è la Madonna in trono con il Bambino, accompagnata da angeli in preghiera e angeli musicanti. Ai lati sono visibili Santa Maria Maddalena e Sant’Anna, a sinistra, e San Gioacchino e Santa Caterina d’Alessandria, a destra. Nell’ordine superiore si trovano, partendo da sinistra, Santa Chiara, San Francesco, San Girolamo e San Nazario, quest’ultimo reggente in mano un modello della città di Capodistria (Koper). Infine, nella cuspide è inserita la tavola con Gesù Cristo benedicente tra i santi Pietro e Andrea, sormontata dalla raffigurazione della colomba dello Spirito Santo.
Le vicende novecentesche del polittico si intersecano con la storia travagliata dell’Istria. Un primo trasferimento dell’opera è registrato intorno al 1940, quando fu messa in sicurezza nella villa Manin a Passariano. Dopo essere rientrata a Capodistria nel 1943, i francescani la spostarono prima nel convento di San Francesco della Vigna a Venezia e, nel 1965, presso quello di San Francesco a Mantova. Risale al 1972 il trasferimento in Palazzo Ducale, dove il polittico fu ricoverato per garantire migliori condizioni conservative ed evitare la sua dispersione.
Il recente intervento di restauro ha permesso di riacquisire una piena leggibilità del Polittico di Sant’Anna di Capodistria, una delle testimonianze più significative della maturità di Cima da Conegliano, e di apprezzarne l’assoluta qualità esecutiva.